Có ý kiến cho rằng do Trung Quốc chỉ chiếm 16% trữ lượng nước trên sông Mê Công nên các đập thủy điện ở quốc gia này không ảnh hưởng nhiều đến khu vực hạ lưu.
Theo TS. Đào Trọng Tứ, Chuyên gia Mạng lưới Sông ngòi Việt Nam: Tuy Trung Quốc chỉ đóng góp 16% lưu lượng dòng cho sông Mê Công nhưng với lợi thế về địa hình, phần sông chảy qua Trung Quốc có tiềm năng thủy điện gần bằng tiềm năng thủy điện của tất cả các quốc gia Hạ lưu vực. Với sự phát triển kinh tế mạnh mẽ, Trung Quốc đang tìm cách khai thác các nguồn tài nguyên nước có thể sản xuất năng lượng đáp ứng cơn khát điện ngày càng lớn của mình. Mê Công là một lưu vực sông mà Trung Quốc đang tích cực khai thác cho mục tiêu năng lượng. Trong kế hoạch dài hạn năm 2040, Trung Quốc dự kiến xây dựng 15 bậc thang thủy điện với tổng công suất lắp máy lên đến 22.860MW, tổng dung tích chứa 52, 81 tỷ m3, dung tích hữu ích 29,3 tỷ m3.
Đập thủy điện dày đặc trên dòng chính sông Mê Công là nỗi lo của 60 triệu người dân trong lưu vực.
Hiện tại Trung Quốc đã phát triển 8 nhà máy thủy điện trên sông Lan Thương gồm Gongguo, Xiaowan, Manwan, Dachaoshan, Nuozhadu, Jinghong, Ganlanba và Méngsong với tổng công suất 15.000MW và hồ chứa có dung tích khoảng trên 40 tỷ m3 nước để đáp ứng nhu cầu điện năng trong tỉnh Đông Nam Trung Quốc là Quảng Đông, Quảng Châu và Châu Quý và xuất khẩu điện sang Thái Lan. Dự kiến đến năm 2040, Trung Quốc sẽ xây thêm 6 đến 7 nhà máy thủy điện quy mô lớn và hàng chục trạm thủy điện trung bình và nhỏ trong lưu vực sông Lan Thương để khai thác triệt để tiềm năng thủy điện của lưu vực sông này.
Việt Nam có 108 lưu vực sông, với 3.450 sông, suối tương đối lớn và tổng lượng nước trung bình hằng năm khoảng 830 – 840 tỷ m3, nhưng lại chỉ tập trung chủ yếu ở một số lưu vực sông lớn như: sông Mê Công (Cửu Long), sông Hồng – sông Thái Bình…. Trong đó, chỉ có khoảng 37% lượng nước đó được sản sinh ở trong nước. Nếu chỉ tính nước nội sinh, bình quân đầu người chỉ đạt khoảng 3.600 m3/năm, (mức trung bình của nhiều quốc gia 4.000m3/năm).
Sông Mê Công là sông quốc tế lớn nhất ở Việt Nam, quan trọng nhất vùng Đông Nam Á, chảy qua 6 quốc gia. Tổng lượng dòng chảy hàng năm khoảng 475 tỷ m3 (xếp thứ 8 trên thế giới). Vùng lưu vực sông Mê Công thuộc Việt Nam (gồm ĐBSCL và Tây Nguyên) phần lớn nằm ở cuối nguồn, chiếm khoảng 8%diện tích lưu vực,với mức đóng góp khoảng trên 50 tỷ m3 nước, tương ứng khoảng 11%.
Các đập thủy điện ở thượng nguồn tích nước làm tình hình khô hạn, xâm nhập mặn ở hạ lưu vực trầm trọng hơn.
Sông Mê Công có vai trò đặc biệt quan trọng, bảo đảm an ninh lương thực quốc gia và bảo đảm nguồn nước cho hai vùng rộng lớn, có ý nghĩa chiến lược đối với vùng ĐBSCL và Tây Nguyên nước ta; đóng góp khoảng 2/3 tổng lượng nước và là nguồn sinh sống cho 23% dân số của Việt Nam.
Theo kết quả phân tích ảnh viễn thám của Bộ Tài nguyên và Môi trường: trên toàn bộ lưu vực sông Mê Công ngoài lãnh thổ Việt Nam có 176 hồ chứa thủy điện, thủy lợi đã vận hành hoặc đang xây dựng.
Ngoài các dự án thủy điện, gần đây Thái Lan đã nghiên cứu một số dự án chuyển nước từ sông Mê Công vào vùng Bắc và Đông Bắc Thái Lan với lưu lượng trên 12 tỷ m3/năm.
Việc các quốc gia ở thượng nguồn Mê Công gia tăng các hoạt động kinh tế, tập trung vào thuỷ điện và nông nghiệp đã làm lưu lượng dòng chảy về hạ lưu yếu, ít nên đã gây ra nhiều hệ lụy tiêu cực đối với ĐBSCL như: xâm nhập mặn sớm, sâu, nồng độ mặn cao hơn.
Theo GS.TS Tăng Đức Thắng-Viện Khoa học thuỷ lợi Việt Nam (Bộ NN&PTNT): “Vào mùa khô, các đập thủy điện thượng nguồn phải trữ nước lại và xả từ từ để phát điện càng làm cho khu vực hạ lưu đã thiếu nước lại càng thiếu hơn, nước biển xâm nhập sâu hơn. Do đó, kể từ khi các đập thủy điện lớn của Trung Quốc đi vào vận hành (2010) đến nay xâm nhập mặn tại ĐBSCL thường sớm, sâu và kéo dài hơn”.
Ngoài những yếu tố tự nhiên thì yếu tố con người cũng góp phần không nhỏ gây ra xâm nhập mặn như khai thác và sử dụng nước ngầm quá mức để đáp ứng nhu cầu phát triển, sản xuất và đời sống ở địa phương, thay đổi mục đích sử dụng đất cũng có ảnh hưởng nhất định đến tình hình xâm nhập mặn.